Misi MTs. Abadiyah dirumuskan sebagai berikut:

1. Menyiapkan murid-murid untuk menjadi pembelajar seumur hidup.
2. Melaksanakan pembelajaran berbasis pendekatan deep learning yang bersifat relegius dan apresiasif terhadap kearifan lokal.
3. Mempersiapkan murid menghadapi globalisasi dengan mengembangkan kecakapan abad 21.
4. Menumbuhkan dan mengembangkan pemikiran dan pembiasaan toleran terhadap keberagaman (pluralisme).
5. Melaksanakan program bimbingan dan konseling secara efektif dan terpadu sehingga setiap murid berkembang secara wajar dan optimal sesuai dengan potensi dan karakter yang dimiliki.
6. Menumbuhkan dan mengembangkan pengetahuan dan penghayatan murid terhadap ajaran, nilai dan moral agama Islam serta budaya bangsa sehingga menjadi sumber kearifan dalam berfikir dan bertindak/berperilaku sebagai insan yang cerdas, jujur, disiplin, relegius, arif dan peduli.
7. Melaksanakan pengelolaan madrasah dengan manajemen partisipasif-transparantif dengan melibatkan seluruh warga madrasah dan kelompok kepentingan dengan berdasar nilai-nilai moral agama dan budaya bangsa.
8. Meningkatkan daya literasi melalui pembiasaan minat baca dikalangan murid agar mampu mengembangkan nalar kritis
9. Meningkatkan mutu kualitas pendidik, tenaga kependidikan dan kompetensi lulusan
10. Menambah ketercukupan sarana dan prasarana penunjang pembelajaran menuju pembelajaran yang baik dan ideal
11. Menumbuhkan dan mengembangkan pola pikir dan kesadaran setiap murid terhadap ekologi/alam sehingga mampu mengemban amanat sebagai khalifah di bumi, hidup berdampingan dengan alam.